GO、KEGG富集分析（一）有参情况 / 四六文摘

前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...

五一劳动节,连续五天,在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧!见:生信必备技能--Cytoscape 下面是cytoscape讲师的笔记 BiNGO插件基因富集 ...

编译:YQ,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读杂种优势指杂交的F1代在抗病性.产量质量等性状上优于纯合亲本的生物学现象,广泛应用于作物和动物的选育上,然而其分子机制尚未研究清楚. ...

据不完全统计,今年来基迪奥OmicShare云工具平台的KEGG和GO富集分析工具使用次数已经突破30,000+啦!KEGG和GO富集分析作为平台使用频率最高的工具之一,一直陪伴大家.听许多对生信还不 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行RNA测序的最主要目的.很明显,这些差异的基因必然与功能改变密切相关,例如,比较患病个体与正常个体的组织表达谱,不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程 ...

下载数据切换到工作目录:cd d/生信技能树-视频直播/第七讲 kegg2gene(第六讲kegg数据解析结果) 暂时不用新的kegg注释数据为了能够统一答案差异基因list和背景基因list 关 ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

约莫一个月前,不知为何,突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题.按照我个人的设想,TBtools的使用应该不会存在使用问题.从开放使用至今,几乎没有停止过接受用户的反馈和改进.感谢TBto ...

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值) ######## ...

写在前面由于期中考试需要考解一元一次方程,因此,将本章前两节中一些易错的内容做一个整理．主要包括方程的定义,解方程易错点,含参方程求解套路．一.方程的定义只含有一个未知数,且未知数的次数是1的整 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

GO、KEGG富集分析（一）有参情况