RNA富集分析
相关推荐
-
生信实操丨一个生信菜鸟的上道经验分享-转录组测序(富集分析绘图篇)
上篇文章小编为各位小伙伴介绍了转录组分析的第八步--富集分析.通过富集分析可了解各个基因行使的功能.那么这次小编就以2020年8月发表在Viruses上的文章" Transcriptome ...
-
GEO联合TCGA数据挖掘文献分享
今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...
-
GO分析和KEGG分析都是啥?
前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件.几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富 ...
-
生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性
各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...
-
科研 | Nature Communications:利用RNA测序分析多个人体组织的免疫球蛋白谱
编译:怀瑾,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 既往针对特定免疫球蛋白(Ig)受体谱的分析方法成本低且耗时长,本研究提出一种可快速.准确地分析免疫球蛋白谱(包含互补决定区3,CDR ...
-
科研 | Gut:通过单细胞RNA测序分析原发性胃腺癌的转录异质性(国人佳作)
编译:小北,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 目的:肿瘤的异质性是胃腺癌(GA)准确诊断和治疗的主要障碍.研究者在GA中利用单细胞RNA测序报道了系统的转录图谱来解释分子和细胞内的 ...
-
科研 | Circulation: 单细胞RNA测序分析自身免疫性心肌炎的免疫网络(国人佳作)
编译:小北,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 背景:心肌炎能够发展成为扩张型心肌病(DCM),这就需要心脏植入(HTx).心肌炎阶段的免疫学网络尚不明确.本研究旨在探究在心肌炎向D ...
-
科研 | NC:使用iDEA方法对单细胞转录组数据进行差异表达和基因富集分析
编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...
-
综述 | Mucosal Immunology:单细胞RNA测序分析揭示藻酸盐寡糖可预防化疗引起的粘膜炎(国人作品)
编译:有点卡,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 目前全世界癌症的发病率持续增加,约40%的癌症患者接受化疗,一种常见的副作用也伴随而生-胃肠道粘膜炎,通常表现为小肠绒毛缩短,粘膜上 ...
-
RADIOTHER ONCOL | 单细胞RNA测序分析乳腺癌肿瘤突变负荷、免疫检查点串扰和放射敏感性 (IF 5.252)
编译:刘宁,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 韩国首尔国立大学In Ah Kim等人于2019年11月22日在医学国际权威期刊Radiotherapy and Oncology在线发表题 ...
-
掀起你的盖头来,GSEA富集分析
前面说过,GO分析给出差异表达基因的基本特征描述,比如细胞组分.生物活动和分子功能,但是这种描述都是笼统的概述,并不具体.比如,GO分析描述一个人,从长相.籍贯.学历.专业.工作等等,但是对于这个人在 ...
-
GSEA富集分析 - 界面操作
GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献. 其输入数据 ...
-
使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析的简单小例子
葡萄的参考基因组下载自NCBI,下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/ 基 ...
