技术贴 | R语言：大样本多组学的相关性计算、热图绘制 / 四六文摘

写在前面:这两天好多人在群里讨论这个图形,这样啦,那样啦,你们讨论我就看得到.今天ppt做的脑子也涨的慌,翻了翻群聊天记录,发现了你们的需求.基于这些总结起来就一句话: 我们不要全部连线,我们要改变图 ...

五谷吃不完了22019.04.06 01:00:47字数 314阅读 1,306I. Network analysis of liver expression data from female mic ...

导语今天和大家分享的是2019年2月份发表在Thorax杂志上的一篇文章(IF=10.844)"Gene correlation network analysis to identify ...

本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在多组学数据关联挖掘中,在我们筛选到目标基因集以及目标蛋白质集合或目标代谢物集合后,在进行基因与蛋白质或代谢关联 ...

本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读上期介绍了利用WGCNA包中的Cor函数和corPvalueStudent函数计算两组小样本的相关性并进行热图可 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 举例展示R语言组学关联分析的方法.宏基因组数据以KO-样品丰度表为例.代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例.基 ...

本文由yang根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在组学数据挖掘中在进行差异基因表达分析时,得到显著差异基因后,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是G ...

本文由微科盟阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 举例介绍如何用R语言gggenes函数包把基因预测得到的gff或gtf文件(含基因位置信息)中的基因类型.位置可视化 ...

利用R语言堆叠图,我们可以将一个项目中所有样品的物种组成展示出来.下面介绍如何利用R语言进行物种组成分析和可视化.过程分为以下几步: 1)模拟丰度矩阵: 2)模拟分组: 3)标准化丰度: 4)调整格式 ...

导读: pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求.利用display ...

导读 2011年,肠型(Enterotypes)的概念首次在<自然>杂志上由Arumugam等[1]提出,该研究发现可以将人类肠道微生物组分成稳定的3种类型,因为这3种类型不受年龄.性别. ...

导读记录一个产生Y轴截断ggplot绘图的方法.先用coord_cartesian根据Y轴把图截断成上下两份,接着用ggarrange拼接到一起,实现去不要的部分一.准备依赖包 ggarrange ...

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