转录组数据挑选下游基因能不能不要这么随便啊 / 四六文摘

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

大家可以收藏一下. 数据库介绍 RNA-Seq Atlas - 通过下一代测序在正常组织中进行基因表达谱分析的参考数据库 RNA-Seq Atlas是一个基于网络的RNA-Seq基因表达谱和查询工具库 ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:Yong-qin,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读西瓜(Citrullus lanatus)二倍体含22条染色体,基因组~425Mb.叶绿素和类胡萝卜素是影响西瓜着色的主要 ...

编译:一个矫情的农民,编辑:Tracy.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读苹果是蔷薇科植物的一员,是世界上温带地区最重要的经济水果作物之一.苹果在成熟过程中伴随着味道.硬度.香气和颜色的巨大变 ...

免疫治疗已经大大改变的抗肿瘤治疗的格局. 但不可否认的是免疫治疗需要解决的问题还有很多,最急迫的一个就是准确分辨能够从免疫治疗中获益的人群. 对PD-L1.TMB.微卫星不稳定等生物标志物的探索尚不足 ...

不知道大家做生信分析的时候,有没有遇到做差异分析的时候没有得到一个差异基因的情况,反正笔者遇到过好几次,无论是GEO数据还是别人给的测序数据都遇到过没有差异基因,哪怕是使用最低的过滤标准都遇到过. 现 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

那个时候写教程,以软件安装,软件input和output为主,因为觉得新手最容易纠结的就是这些了,但是现在回过头来看,软件安装已经成了小菜一碟,对各种bam/sam/vcf/gtf也耳熟能详,所谓的i ...

转录组数据挑选下游基因能不能不要这么随便啊