测序数据没有差异基因，就不正常？ / 四六文摘

之前在介绍 GEO 的时候,提到过里面包括了很多其他研究人员发表文章的时候使用的测序数据.其中就包括circRNA 测序的数据.但是对于 circRNA 测序的数据的话,如果是用 GEO2R 分析相关 ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

写在前面最近做了一些转录组数据分析.想想,上一次这么精细地分析转录组数据,都是三五年前的事情.整个实验设计是一个器官的不同发育阶段.按照最传统的做法,不同阶段,两两间进行差异表达分析,于是会产生系列 ...

找变异流程找变异简单点说,就是把高通量测序得到的成千上万条序列片段比对到合适的参考基因组,找到那些成功比对的片段与参考基因组的微小差异情况. 那么就涉及到存储测序数据的fastq数据格式,比对的工具 ...

对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据.我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因.往往都需要逐渐的降维来进行解释.最普遍的方法通过差异分析-富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作.这 ...

②生物信息分析流程 (1)数据质控: (2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据 ...

拿真核转录组测序为例,实验流程分为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序:项目分析流程分为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析和SNP分析-基因功能注释-基 ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

写在前面课题组目前做一些基因组相关工作.了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作.生物是复杂的,而算法是存在局限的.所以人工矫 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

船方水尺数与岸上数据有差异造成延误谁来承担 Alex 航运佬 [摘要]在南美装粮,经常碰到船方水尺数与岸上的数据不一致的情况:但不同的船长船东,做法却不大一样.本文结合之前提到的默示索赔权及货差问题, ...

编译:菜鸟菠萝,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读烟草是一种重要的经济农作物,叶片是重要的芳香生物活性化合物(如酚类和生物碱)的来源.在本研究中,采用无偏转录组学和代谢组学方法来鉴 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:系统红斑狼疮是(SLE)是一种异质性自身免疫性疾病,治疗困难.目前SLE患者没有最佳分类.因此,患者对于现有治疗反映是不可预测的 ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉费城儿童医院学者Kai Tan等人于2019年5月7日在<Genome Biology>上发表题目为<SCRABBLE: single-cell ...

本文编译自Nature Communications 美国芝加哥大学遗传医学部和人类遗传学系的Yang I. Li等于2019年3月1日在<Nat Commun>上发表题目<Prio ...

测序数据没有差异基因，就不正常？