技术贴 | 宏基因组功能分析选择基于reads分析还是基于组装分析？ / 四六文摘

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

写在前面无论是人体,动物还是环境,微生物组的研究都正在如火如荼.在短短的几年,已经在技术和方法等方面不断翻页.相当多的新东西不断出现,让我们作为新手进入这个领域困难重重. 不得不说,几乎所有的研究, ...

人类肠道培养细菌培养组的参考基因组集人类肠道培养细菌的1520个基因组扩展微生物组功能分析 1,520 reference genomes from cultivated human gut bac ...

先说下结论吧,建议按无参转录组去做,因为50%的回比率实在是太低了,一般来说起码也得达到60%-65%.按有参去做会浪费很多的数据,而且会有很多基因不会被检测到.下面是我们之前写的一个关于转录组分析模 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读环境样品中的微生物物种种类多,培养难度大,而且很多是功能未知的微生物,因此与一般的动植物组学相比,微生物组学研究难度 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助.原创微文,欢迎转发转载.导读宏基因组组装工具非常多.如何从众多组装工具中选择适合分析自己的宏基因组测序数据的工具呢?为了解决这个问题,我搜集了宏基因组 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类 ...

链读测序(Linked-read sequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏基因组组装.但目前还不清楚在使用 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读细菌抗生素耐药性是在人类为控制细菌生长而进行的大规模抗生素的使用的前提下, 细菌通过基因突变或者从环境有机体的基因水 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 ENZYME收录了7大类酶的四级分类信息.EC编号或EC号是酶学委员会(Enzyme Commission)为酶所制 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 EggNOG数据库收集了COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins ...

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