技术贴 | 宏基因组Binning（二）质控、分箱、质检、可视化 / 四六文摘

分箱工具metaWRAP 写在前面再一次运行metawrap流程,终于将其中的问题全部解决,回想起来这篇记录已经一年了,说明只要不放弃,总会有一天可以解决问题的.另外,祝贺刘老师今天宏基因组培训课程 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助.原创微文,欢迎转发转载.导读宏基因组组装工具非常多.如何从众多组装工具中选择适合分析自己的宏基因组测序数据的工具呢?为了解决这个问题,我搜集了宏基因组 ...

本文由微科盟技术根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载. 宏基因组功能分析选择基于reads分析还是基于组装分析?一直以来都是大家争论的问题.鱼与熊掌是否能兼得呢?微科盟 ...

数据质控本小节数据已更新:https://github.com/taowenmicro/Megagenome_learing. 准备conda虚拟环境我们创建一个虚拟环境,这里python环境为2 ...

本文由微科盟phage根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源<微生态>公众号. 写在前面为什么要质控? 宏基因组测序一般用的是illum ...

链读测序(Linked-read sequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏基因组组装.但目前还不清楚在使用 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读细菌抗生素耐药性是在人类为控制细菌生长而进行的大规模抗生素的使用的前提下, 细菌通过基因突变或者从环境有机体的基因水 ...

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