综合性基因功能预测数据库 / 四六文摘

前段时间我们在对 [[CCLE-肿瘤细胞系百科全书 v2.0-数据下载]] 新的使用方式进行了系统的讲解.其中提到了 [[DepMap Portal-肿瘤细胞系综合分析数据库]] 这个工具.在这个工具 ...

好啦,小伙伴们,上次咱们刚介绍过神器starbase,那么今天咱们再来学习一下另一款神器:miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/).在咱们预测的时候 ...

基因转录的过程当中,基因由DNA转录成mRNA的过程受到很多因素的调控.其中就包括了转录因子的调控.转录因子调控的一个主要的过程是转录因子和基因启动子区进行结合进而来对其表达进行调控.由于每个转录因子 ...

写在前面对于miRNA靶基因的预测而言,目前有很多数据库都可以做.这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同.预测的结果总是有一些不同的,所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样.我 ...

在前几天的介绍当中,我们通过一篇综述了解到了tRNA的功能.其中在那篇综述当中提到了四个和tRNA有关的数据库.但是综述当中介绍的数据库基本上都是用于查询tRFs的基本信息或者查看tRFs在肿瘤当中的 ...

关于转录后调控,之前我们也介绍过很多这个方面的数据库了.其中包括一个我们之前介绍的综合性转录后分析数据库:[[POSTAR2-转录后调控预测网站]].恰巧最近这个数据库更新了3.0版本.所以我们今天就 ...

我们在基因研究的时候,需要提前预测这个基因的功能是什么.编码基因可以通过其基因的蛋白结构来预测到主要功能是什么.但是对于长链非编码RNA(lncRNA)的功能,由于其不编码蛋白.这样功能预测的就不适用 ...

miRWalk数据库 (http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了Human.Mouse.Rat.Dog.cow等多个物种 ...

前两天我们对于tRFs的功能同时也推荐了几个关于tRFs的数据库.其中包括tRFs在TCGA当中研究的数据库以及tRFs靶基因预测数据库.这些数据库都是基于分析好的数据来的.但是如果我们有自己的数据, ...

在基于高通量测序的进行基因功能预测的是时候,我们经常需要寻找符合我们研究疾病的数据集.拿肿瘤而言,最常见的的还是 TCGA 数据库.但是一个数据集进行基因功能预测的时候,有可能在后续的实验的时候就会产 ...

编译:李可爱,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读随着基因序列数据量的迅速增长,科学家面临着巨大的任务.目前,2020.04版本的UniProt数据库中,从功能和结构上表征新型蛋 ...

在进行肿瘤相关研究的时候,如果有这个肿瘤的随访时间和随访的结局,往往都可以进行预后分析.通过预后分析来了解某一个分组(治疗方式,基因突变,基因表达高低)是否影响肿瘤患者的预后.那么如果在基因研究的时候 ...

昨天我们介绍的融合基因查询的数据库,可以查询发生基因融合的基因.由于发生了基因融合,所以就相当于形成了新的基因,对于这种基因的功能是什么,昨天的数据库没有介绍.今天我们就来介绍用来查询融合基因功能的数 ...

大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累积了 200多文献阅读笔记,反而是公众号编辑忙不过来,所以大多数好的笔记无缘跟粉丝见面,不过我自己的笔记可以开绿色通道 Nat Med. 2017 April ...

综合性基因功能预测数据库