miRwalk：搞定miRNA靶点预测及验证的宝藏网站

miRWalk数据库

（http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/）是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了Human、Mouse、Rat、Dog、cow等多个物种的miRNA靶基因信息，不仅仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点，也会将其与已有的12个miRNA靶标预测程序（DIANA-microTv4.0 , DIANA-microT-CDS , miRanda-rel2010 , mirBridge , miRDB4.0 , miRmap , miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA RNA22v2 , RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2 ）的预测结合信息集合进行结合关联。数据库一直在更新收录新的资料，第一版是在2011年发布，之后在2015年发布V2 版本，并登上了Nature methods杂志，目前更新到V3 版本。

miRwalk目前有三个版本，都能正常使用，今天所要介绍的是最新版本3.0：

好了，按照惯例，现在使用miRWalk3.0数据库检索miRNA/gene操作演示吧

miRWalk支持两种预测模式：从miRNA出发，预测其调控的靶基因，另外是从靶基因出发，预测能调控该靶基因的miRNA,即双向预测。其中基因的编号支持Gene symbols ,EntreIDs和 Ensemlb-IDs。操作也是傻瓜式的，输入数据基因的ID即可。

一次检索一个miRNA/gene

对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式，也支持输入对应的转录本ID。对于miRNA, 不仅支持mirBase数据库中的ID和编号，也能识别miRNA family的名字。

PS：有些初涉生信领域的亲可能搞不清microRNA各个家族，下面这个网站能查到microRNA各家族具体组成。

（长按可以复制）

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/mirna_families.cgi?db=vert_50

一次检索多个miRNA/gene

miRwalk支持一次检索多个miRNA或者Genes，适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息，也支持按照pathways进行检索，适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。

输入编码后要记得点击Proceed

预测结果

最上方的下拉列表，可以对结果进行筛选，即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息，可以看到miRNA对应的序列、基因名、得分、位置、结合点……网页也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选，其中score越高，说明可能性越大，如果点击export，将结果导出为excel表格，以备后用。点击LINK会跳转到预测靶基因汇总条目：

miRDB中有637个hsa-miR-1248的预测靶基因

除了EXCEL结果导出外，还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph和基因集富集功能GSEA。黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG, PNG, JPG等格式。

基因序列图

除了以上在线检索的方式之外， 也可以将miRWalk整个的数据库下载下来，在本地的机器上进行预测，这样比较方便对批量的miRNA和靶基因进行预测。目前支持靶位点在基因的5UTR，CDS，3UTR 三种数据，但是一般miRNA的靶位点在3UTR区域。所以下载3UTR即可。下载到的文件，需要写一些脚本，提取，筛选miRNA和靶基因的预测结果。

当然，更多的分析方法和使用花样还需要小伙伴们动手挖掘哦~