用DEXSeq分析可变剪切，外显子差异表达 / 四六文摘

引言前面两期主要为各位简单介绍了转录组测序以及转录组测序的方法,相信各位对转录组测序有了一定的了解.那么测序后进行数据分析,具体包含哪些分析内容呢?本文就详细为各位介绍一下. 分析内容 mRNA是具 ...

关于可变剪切,简单而言就是,一个基因从DNA-mRNA的过程当中,由于剪切位点的不同,会形成不同的mRNA剪切变异体.对于可变剪切模式,之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当 ...

关于 TCGA 数据库当中的可变剪切事件而言,其中最出名的还是 [[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]].在 Spliceseq 数据库当中通过 PSI 这个指标来评价了不同基因转录本 ...

可变剪切(Alternative splicing,AS)是基因转录时,通过组合不同的外显子,形成不同转录本的过程,在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用,维持蛋白质多样性的主要机制.在不同组织或者发 ...

RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...

featureCounts我们粉丝都耳熟能详了,我们转录组流程介绍的对比对后的bam文件基于基因注释文件定量的首选软件,用法非常简单,关键是速度飞快,吊打htseq-counts几条街,而用DEXSe ...

rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切使用SGSeq探索可变剪切用DEXSeq分析可变 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

HBV是目前已知的感染人的最小DNA病毒,其基因组大小约为3.2 kb,包含4个高度重叠的开放阅读框(ORFs).除了这些经典的ORFs外,越来越多的证据表明,HBV还通过可变剪切形成了许多额外的OR ...

编译:Young,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读可变剪接是指一个mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体.然而,在植物中蛋白质组复杂性的贡献仍然是难以捉摸 ...

异源六倍体普通小麦(又称为面包小麦)占据了小麦种植品种的95%以上,为超过三分之一的人类提供主要能量来源,小麦的产量和品质直接关系到全人类的食物安全[1].小麦白粉病是一种世界范围的真菌性病害,每年造 ...

用DEXSeq分析可变剪切，外显子差异表达