TCGA可变剪切预测数据库 / 四六文摘

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

KO细胞在我们研究基因功能的时候,基因敲除(Knock out,KO)是实现基因loss of function的重要调控方式.相比于传统的基因干扰(RNAi)技术,基因敲除可完全消除目的基因的表达 ...

编译:微科盟 Nicole,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读拟南芥的昼夜节律控制着许多生理和分子过程,使植物能够预测其环境的每日变化.然而,mRNA水平变化如何与共转录/转 ...

关于 TCGA 数据库当中的可变剪切事件而言,其中最出名的还是 [[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]].在 Spliceseq 数据库当中通过 PSI 这个指标来评价了不同基因转录本 ...

MA Anderson御用软件SpliceSeq已经是发表于2012的文章了:<SpliceSeq: a resource for analysis and visualization of R ...

关于可变剪切研究的数据库,尤其是在肿瘤当中研究可变剪切的数据库.之前我们介绍过了[[tsvdb-可变剪切分析数据库]]以及[[TCGA Spliceseq-可变剪切相关数据库]] 这两个基于 TCGA ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2570天 RNA-蛋白结合预测数据库 "老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?" "先用catRAPID数据库看一下与它结合 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2573天 RNAct数据库你的不二选择蛋白质与RNA的相互作用与许多生理作用和疾病有关.目前,约1400种人类蛋白质具有RNA结合活性的实验证据.但是,在这些蛋白质中只 ...

关于可变剪切,简单而言就是,一个基因从DNA-mRNA的过程当中,由于剪切位点的不同,会形成不同的mRNA剪切变异体.对于可变剪切模式,之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当 ...

编译:李可爱,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读随着基因序列数据量的迅速增长,科学家面临着巨大的任务.目前,2020.04版本的UniProt数据库中,从功能和结构上表征新型蛋 ...

编译:Young,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读可变剪接是指一个mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体.然而,在植物中蛋白质组复杂性的贡献仍然是难以捉摸 ...

免疫浸润评估大致过程对于RNA-seq的数据,之前我们的分析方法只是局限于单个基因之间的整合分析,最多也就是做一下富集这样的聚类分析.前段时间随着肿瘤免疫的热度,也有人试着开始利用RNA-seq这样 ...

TCGA可变剪切预测数据库