技术贴 | 宏基因组分箱（Binning）第一课——介绍和报告展示 / 四六文摘

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

随着宏病毒研究的日益火热,许多小伙伴都在想自己曾经测过的宏基因组数据能否再深挖一波?当然可以!前面几期小编给大家抛砖引玉介绍了组装软件以及病毒数据库的基本知识,这期我们就来聊一聊,如果不依赖于数据库的 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究 ...

宏病毒组各家的流程不论如何炫酷,最本质需要解决的问题还是要能够对病毒序列进行精确注释.上一期小编给大家介绍了宏病毒组的多个组装软件的测评,这期我们就来介绍一下常见的病毒数据库. 从数据库的发展及规模来 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类 ...

分箱工具metaWRAP 写在前面再一次运行metawrap流程,终于将其中的问题全部解决,回想起来这篇记录已经一年了,说明只要不放弃,总会有一天可以解决问题的.另外,祝贺刘老师今天宏基因组培训课程 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

传统方法构建基因敲除模型小鼠是在小鼠胚胎干细胞中通过同源重组的方法敲除掉一个外显子,该方法效率低,实验周期长,且干细胞打靶需要通过囊胚注射,获得的F0代小鼠是嵌合体,需要嵌合到生殖嵴才能繁育出F1代的 ...

"北大荒"意味着什么?追根溯源,它展示了一段堪称奇迹的拓荒史.创业史:地理上它是世界著名的三大黑土带之一:经济上它代表着一个庞大的经济体,是绿色.健康.营养的"代名词&q ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助.原创微文,欢迎转发转载.导读宏基因组组装工具非常多.如何从众多组装工具中选择适合分析自己的宏基因组测序数据的工具呢?为了解决这个问题,我搜集了宏基因组 ...

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