TCGA数据库的利用(一)
相关推荐
-
TCGA数据库免疫相关文件下载大全
2018年4月Immunity杂志上发表了文章The Immune Landscape of Cancer ,由34个单位共同合作完成.文章对TCGA中33种癌症,超过10,000个肿瘤样本进行了免疫 ...
-
TCGA数据库 ID转换问题
写在前面 我们在使用TCGA数据库的时候,从TCGA数据库下载到的数据,使用的原始数据ID是ENS ID.对于这样的ID号,我们一方面不认识他们是什么,另外如果要做下有分析的话,很多数据库也不接受这样 ...
-
我不相信kmplot这个网页工具的结果(生存分析免费做)
我们已经多次介绍过生存分析: 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗 生存分析时间点问题 寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值 apply家族函数和for循环还是有区别的(批量生存分析出图bug ...
-
eyeD3-一种用于处理音频文件的python工具,特别是包含ID3元数据的MP3文件
关于 eyeD3是用于处理音频文件(特别是包含ID3元数据(即歌曲信息)的MP3文件)的Python工具. 它提供了命令行工具(eyeD3)和Python库(import eyed3),可用于编写自己 ...
-
生信分析流程构建的几大流派
导言 构建生信分析流程是生物信息学从业人员必备的技能之一,对该项能力的评估常常是各大公司招录人员的参考项目之一. 在进行ngsjs项目时,我做了一张示意图来表示一些高通量测序数据分析项目重现性的要点( ...
-
数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据
该数据是我自己下载整理过的数据. 下载日期:2021年7月12日 下载方式:TCGAbiolinks包 数据类型:RData 变量名称:expDataTPM > ##加载数据,数据对象是一个数据 ...
-
利用TCGA数据库选题,毕业稳了
利用TCGA数据库选题,毕业稳了
-
利用TCGA数据库发表的文章都是哪些杂志?
我们在PubMed中进行检索TCGA的关键词,检索得到9334个结果:并且相关的发文量一直呈现出逐年递增的趋势,2019年就有2702篇文章. 因为关注我们公众号的小伙伴,对发表在SCI上的情况更为关 ...
-
基于TCGA数据库肿瘤免疫细胞浸润分析流程
分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...
-
mysql数据库中利用GROUP
mysql数据库中利用GROUP_CONCAT)把查询的结果列合并分组显示 效果图 在数据库中group by 一列查询出若干行数据,sql如下: select * from table group ...
-
免费资源 | 这份TCGA数据库肿瘤微环境课程,一定能帮助自学生信的你~
让我们一起科研吧~ 小燕子 肿瘤微环境是当前研究的一个热点,无论是国自然还是发SCI,都是比较热的点,那么,数据挖掘也不例外,很多人喜欢追随这样的热点.(肿瘤微环境是指肿瘤的发生.生长及转移与肿瘤细胞 ...
-
TCGA的28篇教程- 对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析
长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...
-
TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的
在August 2018文章看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息. T ...
-
TCGA数据库生存分析的网页工具哪家强
看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来. 但是我没 ...
-
开发自己的TCGA数据库下载器就是怎么简单
如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...
