HTA芯片（学徒探索任务） / 四六文摘

在做肿瘤研究的时候,我们现在都知道可以提前查一下基因的表达和临床特征有没有相关性 ,这样对我们的下一步实验也是一个预测的方向.经典的我们可以使用TCGA的数据来进行分析,我们之前介绍的GEPIA就可以 ...

[5月27日讯]相信大家都知道,自从华为消费者业务CEO余承东明确表态:"在美国新一轮"芯片禁令"下,华为麒麟9000芯片将成为绝版麒麟旗舰芯片产品."确实也是 ...

一花一世界,一叶一菩提,芯片内部也是一样,都有成千上万个晶体管在里面,芯片设计工程师们在里面构建一个特殊的世界,还有一些专属的图腾标志,接下来跟着老宇哥,我们一起深入几款芯片内部的微观世界,非常震撼! ...

最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务,作为老师的新晋小透明学徒,希望可以表现一下,在分析数据集GSE62133时,并没有其平台GPL14951相应的注释包,把这个探索过程分享一 ...

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:th ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

有学员提出来了一个问题,就是可以比较同样实验设计的表达量探索研究,一个研究使用的是芯片,一个是测序,看看两者的差异基因情况的overlap情况.其实这样的例子非常多,比如下面这样的展现方式: 下面给大 ...

表观调控领域关于DNA甲基化的研究绝对是一个热点,尤其是有那么多的技术,WGBS,RRBS,450K/850K芯片.早在2014年发表在Genome Biology 的文章:DNA methylome ...

前面我在<生信技能树>的教程:什么,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处,提到了一个GSE数据集是可以关联到很多文献,如果这个数据集被挖掘过.但是举例子的时候留空白了,居然被眼尖的 ...

目前芯片数据的分析流程都可以通过AnnoProbe包简单的完成上游分析,包括表达矩阵获取.分组方案的构建和数据注释,但是也存在一些平台的数据无法被该包直接获取.AnnoProbe获取注释信息的方式是通 ...

HTA芯片（学徒探索任务）