单细胞转录组方法篇——下 / 四六文摘

编译:艾奥里亚,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. Nature Reviews Genetics杂志社Darren J. Burgess于2019年4月12日在Nature Review ...

单细胞 RNA-seq (scRNA-seq)作为描述人类细胞转录组的有力工具已经受到重视,但该技术在植物细胞中的应用还不广泛.在此,我们描述了在花生叶原生质体细胞分离系统的成功发展.根据已报道的标记 ...

本期我们通过PubMed数据库检索,整理了从2021年8月1日到8月31单细胞技术文章共764篇.其中IF (影响因子)大于9分的文章有216篇(文章后面使用表格列出),现选择其中20篇代表性文章进行 ...

推荐:江舜尧编译:美少女编辑:马莉美国密西根大学Euisik Yoon等学者于2019年5月15日在期刊 <Nature Communications> 上发表了<Hydr ...

--单细胞里程碑式的突破:加州大学圣迭戈分校任兵课题组在单细胞层面同时测定转录组和DNA表观遗传修饰水平的新方法突破! 历史的车轮浩浩荡荡向前,永不停息.回首生物学界的这20年,不管是理论还是技术手段 ...

一.单细胞single cell RNA-seq简介 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq) Measures the average expression level for each ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:雪源,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读巨噬细胞是炎症反应和组织重塑中的重要介质.近期对巨噬细胞亚群异质性的新见解使得它们在维持体内稳态和疾病中的作用再次受到关注.巨噬细胞 ...

十二个方法无意中分了三部分写,现在看起来倒是有点暗合我们三阶段写作课的步骤,兴趣.内功和精进.最后这四个方法对家长而言用起来可能不如开头几个那么轻松自如,但对帮助孩子练习写作,却是实打实的真功夫. ◇ ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 阅读前面的翻译稿 ...

单细胞转录组学(sc-RNAseq)研究,可以更加有效的解释组织的异质性,从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题.已经广泛用于肿瘤异质性.细胞发育.免疫微环境等课题研究.其产生的 ...

单细胞转录组方法篇——下