基因集富集分析（GSEA）中的排序指标：它们重要吗？ / 四六文摘

ssGSEA顾名思义是一种特殊的GSEA,它主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的,不同的是GSEA需要准备表达谱文件即gct,根据表达谱文件计算每个基因的rank ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

随着高通量测序的越来越火,对于一个基础实验而言,往往第一步都是需要做点儿高通量测序,来发现一些新的东西,才能往下做.如果不这么做的话,好像就感觉差人一步似的.尤其是对于新兴的一些RNA.比如circR ...

前言今天和大家分享的是2020年10月份发表在International Immunopharmacology杂志上的一篇文章(IF=3.9)"BICC1 as a novel progn ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

5月7日,中国移动发布2021年至2022年蝶形光缆产品集中采购招标公告. 公告内容显示,本项目为集中招标项目.本期集中采购产品为蝶形光缆产品,预估采购规模约共计约450万芯公里,折合426万皮长公里 ...

近日,国际知名期刊<核酸研究>(Nucleic Acids Research,IF:16.971)在线发表了北京大学孔雷课题组与中国科学院计算技术研究所赵屹研究员课题组合作开发的基因功能富 ...

7月15日,中国移动2020年至2021年光分路器产品集中采购中标候选人公示:共计有10家厂商入选.然而从10家厂商的投标报价情况看,低价竞争是此次光分路器集采的焦点,也是行业的痛点.低价竞争在行业中 ...

本篇文章价值超200元,为什么这么说呢,我在网上查询GSVA资料的时候看到一个课程,标价是200,23人学过.作为一个在线课程,录制完以后就可以持续的收益,不说远了,5年后还是会有人买这个课程,所以说 ...

转录组.蛋白组等测序结束后,筛选差异基因之后需要做的第一步工作可能就是需要功能富集,看基因的作用.做富集的工具也有很多,在线的工具也有大批,但是总体来说更新较慢,可视化操作不是很强. R语言成了很多人 ...

一般来说,大家拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样的富集分析,也是注释生物学功能数据库.大家读我的表 ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

基因集富集分析（GSEA）中的排序指标：它们重要吗？