甲基化芯片数据下载如何读入到R里面 / 四六文摘

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很 ...

早在我们举办甲基化芯片专题学习的时候,见: 450K甲基化芯片数据处理传送门就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见: 850K甲基化芯片数据的分析但 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 然后下载 ...

我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

前面我在<生信技能树>的教程:什么,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处,提到了一个GSE数据集是可以关联到很多文献,如果这个数据集被挖掘过.但是举例子的时候留空白了,居然被眼尖的 ...

关于GEOquery在GEO公共数据库挖掘的重要性我已经多次强调和介绍了,不赘述,不过它可不只是用来下载表达芯片矩阵的,也可以下载甲基化芯片信号矩阵,也是贝塔值矩阵. 代码如下: require(GE ...

最近接到学徒求助,在广州,导师给了她分析cnv芯片的任务,调研文献发现,数据集很可怕,30G的芯片数据感觉下到猴年马月都不一定能成功! 我很少在中国大陆真正的下载数据并且处理,我打开https://w ...

简介入门生物信息学我们首先需要有可分析数据,才能进行后续操作.但目前国内网络环境的限制,使得我们很难畅快地从各大数据库下载数据.今天就为大家推荐一种简单快捷的下载方式--使用VPS下载,再使用Fil ...

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热!确实没想到如此小众的R包也可以有详细的笔记教程: 下面是EIM伟随机投稿 1. R包简介 R包作者:Pedro Lopez-Romero 最后一次更新 ...

甲基化芯片数据下载如何读入到R里面