IGV-基因组浏览器-改造记录（七） / 四六文摘

编译:Jerry,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读樟树具有较高的经济.工业价值.樟树叶片挥发油中的萜类是美容.医药产品的重要原料.然而,樟树中miRNA对萜类生物合成的调控作用尚 ...

写在前面从图片来看,即小RNA的reads展示在染色体上,并用长度做可视化.这个需求,其实拿起任何一门语言,手写一个.svg就可以搞定了.只是读取read alignment数据想想比较辛苦.有比较 ...

我一直都相信, 只要有足够长的时间,没有什么事情是我们做不到的. 我也明白, 人的生命是有限的,所以追求的东西应该尽可能少. 我只是没想到, 很多时候,不是你没时间,而是你身边的人,等不了.而事实上, ...

写在前面还有两个小时....似乎还是有点紧张.想想,那就写写微信推文. IGV改造系列,一直会继续,直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要. 在前述的改造记录中(https://www.jianshu ...

写在前面前面已经做了两次IGV浏览器的改造.在进行第二次改造后,我们会发现一个明显的需求.即,二级结构上同时附加每个碱基的测序深度(类似表达量),那么将能更好的帮助判断miRNA或者特殊的sRNA二 ...

写在前面前述,我们已经对IGV进行了超过三次改造,同时我也写了三个推送.写IGV改造系列推送的主要原因,事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程. 在上一次RNAfold的窗口上,我们增加了 ...

写在前面 IGV是目前广泛使用的基因组浏览器.但在前述的推文中,我们已经提到过,其并没有较多我们做小RNA数据分析或可视化所需的特性.为此,我们已经介绍了四处我们课题组对IGV修改.我的意思是,我们做 ...

写在前面经过了前面的五次IGV改造,我以为这个系列可能就到此为止了. 然而在近期的数据分析过程中,我们仍然发现了一个新的需求: 在展示sRNA reads的时候,只看某个长度的reads,比如植物的 ...

写在前面高通量测序技术普及,大量物种基因组被测序.组装质量逐步提高,但基因结构注释的质量则一如既往的让人担心.错误的基因结构注释,可能会使得你得到错误的结果.比如: 不准确的基因结构注释,使得编码蛋 ...

写在前面 IGV是我认知范围内,得到最广泛使用的基因组浏览器.作为一个强大的软件,其支持各种测序数据的可视化,但对于小RNA测序数据的支持,却仍然一般.于是,我对其进行了几次小的修改,完成一个相对适 ...

IGV-基因组浏览器-改造记录（七）