昨晚看到了Y叔发布的ggtreeExtra-今天我和phylsoeq无缝对接-绘制微生物组的大圈图 / 四六文摘

目前细菌群落研究常用的技术是16S相对定量扩增子测序,而最近越来越多的研究者开始采用绝对丰度(即菌群的实际数量)对细菌群落进行绝对定量研究,今天小编就微生物绝对定量研究的一些常见问题在此总结一下. 问 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

本文由bioshepherd编译,十九.江舜尧编辑. 原创微文,欢迎转发转载. 导读了解微生物群落如何随着环境退化和恢复的变化,或许能够提供理解联系人类.微生物群和自然界的未被充分研究的生态学的新视 ...

Y叔选择在11点之前发帖,那么就是要我回咯~~~ 生信编程直播第七题:写超几何分布检验! 说一点跟超几何分布检验无关的事情我真心不想讨论未被KEGG数据库收录的基因是否应该在做超几何分布检验的时候被 ...

ATAC系列连载: 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇:原始数据的质控.比对和过滤第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChI ...

之前我有多个基因集的时候,比如下面这个: > head(moduleGenes[,2:3]) module chr 1 brown ENSG000001 ...

大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生! 转录组入门传送门考虑到技能树过于偏重于肿 ...

最近收到粉丝求助,本来是询问富集分析的时候,我给的参考代码,为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9,其实是怕大家富集不到结果.然后Y叔在自己的微信公众号中提到" ...

昨天宣传了Y叔的clusterProfiler包的让人眼花缭乱的可视化炫技,见:为R包写一本书(向Y叔致敬) .有趣的是粉丝留言提到:Y叔的图必须以富集出来的对象,比如enrichKK来画,如果是自己 ...

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支 ...

两条腿走路的腾讯游戏,开始为下一个十年未雨绸缪. 十多年来,腾讯游戏可能很少像今天这样,表现得这么稳健,又如此"少年". 事实上,当我看到马晓轶在腾讯游戏年度发布会上以Meta ...

<全国畜禽遗传改良计划>发布,中蜂的春天来了?3类人机会大据每日经济新闻4月28日消息,4月28日,农业农村部发布了<全国畜禽遗传改良计划(2021-2035年)>: 力争用 ...

昨晚看到了Y叔发布的ggtreeExtra-今天我和phylsoeq无缝对接-绘制微生物组的大圈图