什么，SRA测序数据要收费了 / 四六文摘

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

本系列想详细的梳理NGS数据分析中常用的几种数据格式,目前打算见下图: 正文分割线 FASTQ和FASTA是存储DNA序列及对应质量信息最常使用的文本文件,本文介绍Illumina平台下机数据FAST ...

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据陈胖子下载NCBI SRA数据库上的公共数据,整体上还是大部分搞数据分析,又想灌水的人必做的一个事情. 其实直接使用官网推荐的工具asp ...

大家看我在生信技能树发布的各个NGS组学的视频教程, 基本都是随手找到一篇文章,就去查询其原始数据,通常是在NCBI的SRA,然后使用prefetch下载sra文件,有的时候还好使用aspera进行加 ...

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

写在前面伴随高通量测序技术的普及,海量的测序数据被产生并上传到网络数据库,如NCBI SRA.我们每个人都可以很轻易地获得这些数据,并用于有生物学问题针对性地分析.数据容易获取,但数据具体来源和信息 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:系统红斑狼疮是(SLE)是一种异质性自身免疫性疾病,治疗困难.目前SLE患者没有最佳分类.因此,患者对于现有治疗反映是不可预测的 ...

什么，SRA测序数据要收费了