Cell BLAST：scRNA序列数据查询和注释工具

相关推荐

• 双剑合璧|scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析

  Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cell ...

• OSCA单细胞数据分析笔记-3 SingleCellExperiment数据结构

  对应原版教程第4章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ SingleCellExperiment数据结构(下面简称sce)基于SummarizedE ...

• 单细胞研究（一） | 这些Nature、Cell文章告诉你，如何利用单细胞测序技术研究肿瘤

  近日,世界卫生组织国际癌症研究机构(IARC)发布了2020年最新癌症负担数据,全球新发病例1930万.死亡近1000万例,而中国更是达到了新发457万/死亡300万.病死率超过60%的恐怖数字,这使 ...

• PBJ|广东省农业科学院茶叶所洪彦彬实验室利用单细胞RNA-seq描述了异源四倍体花生叶片中转录组的分布并鉴定了关键的转录因子

  单细胞 RNA-seq (scRNA-seq)作为描述人类细胞转录组的有力工具已经受到重视,但该技术在植物细胞中的应用还不广泛.在此,我们描述了在花生叶原生质体细胞分离系统的成功发展.根据已报道的标记 ...

• 小鼠的13个不同组织器官的超10万个细胞才85个亚群（单细胞ATAC路在何方）

  最近在有粉丝求助,他的scATAC-seq数据的分析,使用 scATAC pro 这个软件得到 cluster 里面的细胞类型好少. 其实scATAC-pro 软件呢于2020年4月发表,在一个综合性 ...

• scPhere——用地球仪来展示降维结果

  ‍ 文章信息 文章题目:Deep generative model embedding of single-cell RNA-Seq profiles on hyperspheres and hype ...

• 生信实操丨带你复现单细胞转录组纯分析文章（一）

  生信实操 随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

• scRNA-seq—读入数据详解

  回顾 单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准本工作 学习目标 了解如何导入单细胞rna-seq实验的数据. 质量控制 流程 在量化基因表达 ...

• scRNA-seq—质量控制

  回顾 单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准备工作 scRNA-seq-读入数据详解 学习目标 构建QC指标和相关的图,以直观地了解数据的 ...

• sc-ATAC-seq细胞类型注释策略

  男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细 ...

• 首个这种类型的单细胞数据库，你值得拥有

  目前已有的单细胞数据库中,SCDevDB专注的是人不同发育通路的单细胞基因表达谱,JingleBells提供有关免疫相关数据集的scRNA-seq BAM文件,SCPortalen集成了单细胞宏数据, ...

• Seurat4.0系列教程14:整合scRNA-seq and scATAC-seq数据

  单细胞转录学改变了我们描述细胞状态的能力,但深入的生物学解释需要的不仅仅是分群.随着测量不同细胞模式的新方法的出现,一个关键的分析挑战是整合这些数据集,以更好地了解细胞身份和功能.例如,用户可以在同一 ...

• Single cell RNA-seq data analysis with R

  CSC – IT科学中心是芬兰国家和高等教育机构拥有的芬兰信息技术专业中心.为高等教育机构,研究机构,文化,公共管理和企业提供国际优质的ICT专家服务,以帮助客户蓬勃发展并造福整个社会. 每年,他们都 ...