Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因 / 四六文摘

最近连续看到了两个单基因研究文章,它们的落脚点都是敲减过表达具体的某个基因看它的效果.但是我仔细看了文章里面提到的基因名字,和其上传到geo数据库的居然是不一致的! 首先是Mth938 domain ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

最近看到一个文献,是数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101668 GSM2711785 RKO-WT-rep1 ...

有学员提出来了一个问题,就是可以比较同样实验设计的表达量探索研究,一个研究使用的是芯片,一个是测序,看看两者的差异基因情况的overlap情况.其实这样的例子非常多,比如下面这样的展现方式: 下面给大 ...

#GEO是什么? GEO全称Gene Expression Omnibus data base,由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页,All Database ...

五月份的学徒专注于GEO数据库里面的表达量芯片数据处理,主要的难点是表达量矩阵获取和探针的基因名字转换,合理的分组后就是标准的差异分析,富集分析.主要是参考我八年前的笔记: 解读GEO数据存放规律及下 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

写在前面今天是2020年10月6日,这几天都很忙碌,许多批次的数据需要再次分析和进一步分析,许多材料需要赶出来,百忙之中还有几位同学的婚礼,确实非南京很难到场,这里祝愿这几位百年好合,早生贵子.国庆 ...

有一个ABCD的生命科学领域划水套路很流行,就是A 基因通过 B 信号通路在 C疾病中发挥 D 功能.其它划水方式见:你的科研也是在划水吗 ? 但是在高通量测序大行其道的这10年,困扰大家的问题在于如 ...

课程配套思维导图见:https://mubu.com/doc/7A3T8hpUlLv miRNA相关资料在:https://share.weiyun.com/k6ZbUg6H 但是阅读量超级低哦,可能 ...

数据集介绍 GEO链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66270 芯片平台:GPL570, [HG-U133_Plus_ ...

于2021年3月发表在CELL杂志的文章, 标题是:<In vivo CD8+ T cell CRISPR screening reveals control by Fli1 in infect ...

Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因