二代测序质控实战 / 四六文摘

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...

今天在这不介绍微生物区系 Microbiota(土壤的,人体的-)重要性的背景了,因为我们知道她太重要了.我们直接开门见山来介绍USEARCH pipeline (http://www.drive5. ...

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粉丝来稿写在前面在几乎所有模式植物转录组测序技术都做烂的今天,始终有一些植物因为种种原因鲜有问津.例如小麦,就像是开在奢侈品商场的黄焖鸡:有钱的人未必瞧得上,没钱的也压根就不会去光顾.不过这么多年 ...

前面我们说到过可以用软件或者自己写脚本从已经比对到参考基因组的sam/bam格式文件提取出原始的测序fastq文件. 但是我在IGV里面检查bam文件的时候发现了一些难以理解的现象,所以趁这个机会把它 ...

核酸质控是NGS(Next Generation Sequencing)实验中必不可少的环节,精确的NGS实验结果也离不开合格的核酸质控.核酸质控主要是评估核酸的浓度,完整性.纯度及片段大小. 核酸样 ...

二代测序文库读长的影响因素-实验角度简介一.现市场上,常见的文库长度种类 1)life的Ion Torrent平台: 该平台主要用于临床快速检测.产前诊断.疾病panl扩增子测序 PGM 测序仪:2 ...

NGS肿瘤体细胞突变检测样本类型:组织样本(新鲜组织+石蜡切片)以及cfDNA样本可查阅2017年 FDA批准的FoundationOne CDx™和MSK-IMPACT两个组织样本大Panel ...

image.png 一代测序:Sanger测序原理简单概述双脱氧终止反应法,聚合酶延伸链 (由于ddNTP的2'和3'都不含羟基,其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断DNA合 ...

虽然三代测序现在已经商用,但是目前的主流还是二代测序,尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道.那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据. 0. 基本原理 ...

二代测序基础知识二代测序基础概念 (这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的) FQ数据格式高通量测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识 ...

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道,而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术,现今的测序不论是测RNA.DNA.miRNA还是ChIP-Seq等等,都是基于NGS(二代测序,next-gen ...

摘要目的研究新生儿遗传代谢病(IMD)的发病率及诊断方法,并探讨串联质谱及二代测序技术在新生儿遗传病筛查中的应用价值. 方法收集广东地区2013年6月至2019年6月出生的20 000例新生儿足 ...

二代测序质控实战