疫苗设计数据库介绍 / 四六文摘

随着疫情的发展，目前对于新冠疫苗相信很多人都有一定了认识。当然在新冠之前也就存在其他疾病的疫苗了。疫苗的接种可以有效的防止我们受到其他物种感染的影响。之前常见的还有天花疫苗，HPV疫苗这类。因此对于很多对人体有影响的其他病菌，其实都可以通过疫苗来进行预防。那么对于相关的疫苗要怎么设计呢？今天就来给大家介绍一个在线疫苗设计的工具：Vaxign2(http://www.violinet.org/vaxign2)

内置算法介绍

Vaxign2数据库主要是利用机器学习的算法来进行疫苗预测的。对于机器学习而言，首先需要一个训练集来进行模型训练。在这个数据库当中，作者使用Protegen数据库(一个储存了近十年经过实验验证保护性抗原的数据库)来进行模型训练。

数据库使用

在Vaxign2当中，主要是包括两个功能。

动态分析(Dynamic Analysis)：输入自己想要分析的序列来进行保护性抗原预测。
已知结果查询(Precompute Query)：作者提前分析好了一些病菌的保护性抗原。直接进行查询结果即可。

这里我们就主要介绍一下怎么来动态分析这个功能。

1. 数据输入

在Vaxign2当中，支持多种输入方式，我们可以输入想要分析的FASTA蛋白序列。同时也可以输入想要分析蛋白的Uniprot ID或者NCBI蛋白ID。这里，我们就用数据库给的病菌序列来进行演示。

在输入完想要分析的序列。就可以选择分析的保护性抗原的内容。这里主要是包括三个选项。

基本分析：

基于PSORTb的细胞定位分析
基于TMHMM的跨螺旋结构分析
基于SPAAN的粘附概率分析
保护性抗原和不同物种(人、老鼠以及猪)的序列比对。

是否进行机器学习分析
是否进行Vaxitop分析

在选择好基本的分析之后，点击Submit即可进行数据提交了。

2. 结果解读

在进行分析之后，首先可以得到的是一个表格。在这个表格当中，我们可以看到预测的的基本信息。

除了最基本的信息，也可以对进行额外的分析。

2.1 Vaxitop分析

所谓的Vaxtop分析。是可以来在实验验证之前，利用Vaxign2可以进一步研究预测的保护性抗原作为候选疫苗的免疫原性潜力。在Vaxign2中，主要支持对输入蛋白进行 MHC-I 和 MHC-II T 细胞表位预测。作者首先使用了IEDB免疫表位数据库来获得MHC-I和MHC-II T细胞表位。然后基于已知的表位来分析之前预测的保护性抗原是否存在。

我们点击Show Vaxitop Result之后。就到了进行免疫抗原分析的界面。在这个只需要选择想要分析的内容即可。