根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM / 四六文摘

使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度ls -lh *raw.vcf-rwxrwxrwx 1 root root 184M Jun 7 10:58 SRR7696207_ra ...

BRCA1基因为例 1 找到BRCA1在gtf文件中的坐标 zcat /mnt/f/kelly/bioTree/server/wesproject/reference/gencode.v25.anno ...

很多时候,出于商业文件的保密性,Excel文件制作者会设置文件使用一定期限后,禁止再使用即让文件自行销毁,这在工作中是很重要的一项Excel技能,上一篇单独记录了 Excel文件自毁VBA指令,这里再 ...

在政府招标过程中,有时会出现撤回投标文件的情况,然而提出撤回投标文件的,大部分都是第一中标候选人.那么出现这种情况该怎么办呢?今天小编就来说说开标后撤回投标文件怎么处理,一起了解下吧! 首先大家要清楚 ...

一次性物品在生活中随处可见,但是你见过一次性Excel工作表吗?简单地说就是你发给客户的Excel工作表,他只能打开浏览一次,一旦他关闭Excel工作表后,文件会自动删除,而且删除得干干净净,回收站都 ...

想必很多人都使用过付费软件,不同类型的付费软件,软件到期后,对用户使用软件的限制规则也不相同.有些软件试用到期后会限制软件的关键功能,有些软件试用到期后会阻止软件打开. 我们在使用Microsoft ...

每日更新,本站所有图片均来源于网络,若有侵权,请联系小编删除! 很多使用安卓手机的人可能都有过这样的烦恼:新买来的手机采用了不到半年,就已经卡顿得不成样子 ...

昨天,我们了解了一下SAM格式的比对结果,不知道大家理解的怎么样.但是全基因组测序数据实在是太大了,即使比对后把sam文件压缩成二进制的bam文件也还有55G(如何压缩转换可查看直播十二),如果完整的 ...

上一讲我们说道Qualimap这个软件,那我们现在仔细了解下这个软件吧! 比如下面这个覆盖度与测序深度的图来说: 如果我们自己要对55G的bam文件进行统计,可以sort好之后用samtools的mp ...

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

Q1: 如何从比对结果bam文件里面提前unique mapping的reads呢? Q2: 什么样的比对软件或者参数可以控制只输出unique mapping情况呢? 这类问题我已经被问烦了,不得不 ...

根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM