GEO数据挖掘技术可以应用到表达芯片也可以是转录组测序 / 四六文摘

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

#1. GEO数据的下载 ##1.1 方法一:下载RAW Data数据 ##1.2 方法二:下载series Matrix表达数据 rt <- read.table("GSE56814 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务,作为老师的新晋小透明学徒,希望可以表现一下,在分析数据集GSE62133时,并没有其平台GPL14951相应的注释包,把这个探索过程分享一 ...

曾经很多人问过我们,GEO数据挖掘只有一张芯片,还能发文章吗?我们的答案:肯定能.今天就给大家分享一篇只分析了一张芯片的文章,这篇文章2018年8月份发表在BioMed Research Inter ...

参考文章:Bioinformatic analysis identifying FGF1 gene as a new prognostic indicator in clear cell Renal ...

仿真技术助力制备高质量VCSEL芯片垂直腔面发射激光器(Vertical Cavity Surface Emitting Laser,VCSEL)具有体积小.阈值电流低.可单纵模输出.功耗低和集成度 ...

这才是GEO数据库挖掘的正确姿势. 前阵子,酸谈学社的大师兄Ewen给大家介绍了一个GEO数据集分析工具shinyGEO.本期小编就再来给大家介绍一个来自大英帝国的GEO数据分析神器-GeoDiver ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

终于还是要发这个系列了,其实我还没有准备好,机器学习系列,有一个公众号做的非常好,是中科院上海马普所的几个同学做的,过两天我会在此推送他们的学习目录,供大家欣赏. 我就先抛砖引玉吧: 随机森林背景介绍 ...

本讲涉及到的芯片分别是: GSE7762 GSE62346 GSE50382 视频里的示例会带领大家使用 GEOquery 包里面的getGEO函数下载每个表达芯片数据在GEO数据库里面的数据,解析获 ...

GEO数据挖掘技术可以应用到表达芯片也可以是转录组测序