生信笔记 | 自定义GSEA分析中的gmt格式文件 / 四六文摘

很多人都说传统的bulk转录组测序"廉颇老矣",急急忙忙转向了单细胞转录组这样的热点技术. 诚然,单细胞CNS好文层出不穷,不过最近无意中看到了一个传统的bulk转录组测序的sci ...

GSEA 相信看过我生信菜鸟团博客的朋友都已经耳熟能详了的,其需要样本的描述以及分组信息,来计算每个基因的差异度量对它们进行排序,然后走GSEA. 虽然有ssGSEA这样的单样本的分析,但仍然不够,也 ...

前两天介绍了一个开发中的单细胞数据分析相关R包,内置了,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图,见 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 ,蛮多小 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

最近看到一个文献,是数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101668 GSM2711785 RKO-WT-rep1 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...

文章地址: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32552056/ 标题:ANXA4 Activates JAK-STAT3 Signaling by Interactin ...

题目:Prognostic Value of ANXA8 in Gastric Carcinoma Gene : ANXA8 同文章[生信文献 | 在基底细胞样乳腺癌中,ANXA4通过与ANXA1相互 ...

学科竞赛网讯今天,第33届国际信息学奥林匹克竞赛国家队选拔面试结果出炉.经过6天角逐虞皓翔.邓明扬.钱易.代晨昕4位同学将代表中国,出战今年将在新加坡举办的第33届国际信息学奥林匹克竞赛(IOI20 ...

在进行生信分析时我们会发现,将测序数据用Microsoft Excel打开后,部分基因名会自动转换为日期或浮点. 例如,将下表中第一列的数据导入Excel后,将自动转换为第二列的内容: 一旦导入Exc ...

在使用服务器时,往往需要进行密码登录,甚至有的需要先登录堡垒机,再登录开发机,输入过程较为繁琐,因此可以考虑将命令写成脚本的形式自动化登录. expect是一个能实现自动和交互式任务的解释器,它也能解 ...

首先来看拿到这组数据,需要按照outcome的列名不同将数据保存为Paresthesia.csv和Dry mouth.csv两个文件,假如数据量少,我们一般在Excel进行筛选(保证列名存在,直接复制 ...

在前期我们为大家介绍了[R包荟萃]热图绘制工具:pheatmap包详解,其中想要绘制分组的热图时需要两个数据,即原始表达矩阵mat和分组信息annotation_col,其中annotation_co ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

在人工智能以及生物信息学发展迅速的现在,充分掌握相关技术是非常重要的,而由于系统的差异,导致很多软件需要在Linux或者Mac OS上运行,长期以来,在Windows系统上解决这一难题的方式是安装虚拟 ...

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