根据甲基化探针信号值把样本分成CIMP组 / 四六文摘

今天是生信星球陪你的第778天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

谢京合关注 0.5022020.10.28 17:56:10字数 844阅读 600 我的天,第一次接触甲基化数据,真是令人头大. 那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧. 1.下载. 数 ...

MethylMix: an R package for identifying DNA methylation-driven genes. 本文参考:识别甲基化驱动的癌症基因 GetData函数,怎么 ...

Computational Detection of Breast Cancer Invasiveness with DNA Methylation Biomarkers用DNA甲基化生物标志计算检测 ...

大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"Pan-cancer methylation analysis reveals aninverse correlation of ...

Methylome and transcriptome analyses reveal insights into the epigenetic basis for the good survival ...

导语 DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰,对于促进胚胎发育,基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要.在甲基化研究的技术手段中,HM450K芯片在癌症甲基化组数据集中占主导地位.TCGA数 ...

甲基化的一些基础知识甲基化芯片的一般分析流程有意思的是,甲基化分析其实和普通的mRNA表达矩阵分析有很多概念问题是无法迁移的,包括质量控制,WGCNA分析,哪怕是简单的差异分析都有区别. 标准差异 ...

差异分析永远是最平易近人的策略,我们前面整理的各种系列教程,miRNA的,lncRNA的,mRNA芯片或者测序,circRNA系列的,都会得到表达矩阵,然后走差异分析.只不过是不同统计学分布的表达矩阵 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 但是我留 ...

本来呢,这应该是一个教程,但最近是过年休假期间,我也不能无限制的回答粉丝提问,所以借<生信技能树>的便利给他发一个有偿求图的的宣传: 很可惜,我没有现成代码,所以无法"举手之劳& ...

传统的甲基化信号值通常是芯片,比如illumina公司的27K,450K,850K的甲基化芯片,它们检查的通常是细胞混合物,比如绝大部分肿瘤组织样品其实是混合了上皮细胞,基质细胞和免疫细胞.如果我们感 ...

关于GEOquery在GEO公共数据库挖掘的重要性我已经多次强调和介绍了,不赘述,不过它可不只是用来下载表达芯片矩阵的,也可以下载甲基化芯片信号矩阵,也是贝塔值矩阵. 代码如下: require(GE ...

关于表达芯片的公共数据库挖掘我这边以及差不多把改写的推文在2年前就写完了,但表达芯片毕竟只占芯片市场的半壁江山,还有大量的非表达芯片,比如大名鼎鼎的甲基化芯片.关于甲基化,我们公众号教程非常少,主要是 ...

最近在做illumina的甲基化芯片数据处理知识整理,所以看了不少文献咯,发现甲基化探针到底需要进行哪些过滤这么一个小细节,值得探讨的都很多.欢迎大家加入我们的讨论群:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析 ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

根据甲基化探针信号值把样本分成CIMP组