生信编程11.根据gtf格式的基因注释文件提取人所有基因的染色体坐标 / 四六文摘

GFF(gff)全称为:general feature format GTF(gtf)全称为:gene transfer format 前者用来注释基因组,后者用来注释基因. 异同点: GTF文件和G ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放.与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载. 对于绝 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

问题描述这个需求很常见,因为一般生物信息学数据比较大,比如sam,vcf,或者gtf,bed都是把所有染色体综合在一起的文件.如果想根据染色体把大文件拆分成小的文件呢?比如:ftp://ftp.ncb ...

json数据大家统一用我给的测试数据,自己在浏览器打开下载:http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencod ...

下载数据切换到工作目录:cd d/生信技能树-视频直播/第七讲 kegg2gene(第六讲kegg数据解析结果) 暂时不用新的kegg注释数据为了能够统一答案差异基因list和背景基因list 关 ...

题目人类基因组外显子区域长度学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛题目数据来源为:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_huma ...

学习感悟首先说明一下,我不算是完全从0开始学习,因为生物的知识和python的语言之前都知道一点,但说实话,我的python距离真正的实践还差的很远,也没有常用所以基本忘完. 真的很感谢群主和老师们 ...

题目:hg19基因组序列的一些探究学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛数据来源:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bi ...

貌似顺序有点怪异,我们都把1~8题给讲解完了,现在才开始第0题,很明显,这个是临时加入的,因为有很多没有编程基础的朋友也开始跟着我们学习了. 还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生物信息学技能面试题( ...

还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生信编程直播第0题-生信编程很简单! 生物信息学技能面试题(第1题)-人类基因组的外显子区域到底有多长生物信息学技能面试题(第2题)-探索人类基因组序列生物信息 ...

生信编程11.根据gtf格式的基因注释文件提取人所有基因的染色体坐标