seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能 / 四六文摘

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

我都忘记了自己的NGS流程系列增加了一个miRNA测序数据分析: 免费视频课程<RNA-seq数据分析> 免费视频课程<WES数据分析> 免费视频课程<ChIP-seq数 ...

整理:谢鹏昊修改:文涛序列拼接一.QIIME 二. Vsearch 三. Usearch 序列拼接拿到扩增子测序结果之后的第一件事就是序列拼接(默认公司发放的数据都是没有问题的,所以不进行质量 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

如果只有一个样本,那么通常推荐加上这个 --twopassMode Basic参数,可以保证更精准的比对情况,也方便去找变异,其官方文档解释如下: Annotated junctions will b ...

写这篇文章的原因,是上一期大数据与生物信息结合的介绍没有自己的服务器如何学习生物数据分析(上篇) 和没有自己的服务器如何学习生物数据分析(下篇)(点击可以直接阅读)在生信技能树公众号发布以后,很多 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

粉丝来稿写在前面在几乎所有模式植物转录组测序技术都做烂的今天,始终有一些植物因为种种原因鲜有问津.例如小麦,就像是开在奢侈品商场的黄焖鸡:有钱的人未必瞧得上,没钱的也压根就不会去光顾.不过这么多年 ...

seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能