基因型的log2ratio测序深度散点图（说明CNV-seq 优于aCGH ） / 四六文摘

上周,我们给大家推送了徐洲更翻译的"SNP过滤教程". 结合SNP这个话题,本小编今天和大家一起探讨下SNP和SNV等相关概念.如有不严谨之处,欢迎温柔拍砖. 相信大家对SNP都不 ...

https://www.docin.com/p-2185981186.html SNP,全称 Single Nucleotide Polymorphisms,是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换. ...

胚胎遗传前遗传学检查(PGT)是在人类辅助生殖技术的基础上,对配子或胚胎进行遗传学分析,诊断配子或胚胎是否有遗传缺陷,然后选择未见异常的胚胎植入子宫.PGT最初采用基于分子杂交或聚合酶链式反应(P ...

长读长测序及其在人类基因组中应用--组装篇原文地址: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.26.445798v1.full.pdf+htm ...

基因工程小鼠基因型PCR鉴定的基本原则是利用基因工程小鼠基因组与野生型小鼠基因组的序列差异,以小鼠基因组DNA为模板进行PCR,并以凝胶电泳对比不同基因型特异产物的大小,根据条带大小来区分小鼠的不同基 ...

本文由李苗苗编译,董小橙.江舜尧编辑. 原创微文,欢迎转发转载. 导读我们在此报告了一个平台,其可以提高高通量测序的敏感性,用于检测和表征细菌.毒力决定因子和抗菌耐药性(AMR)基因.该系统使用由基 ...

看来本次直播我的基因组分析流程效果还不错,不少朋友跟着自己动手开始分析全基因组测试数据了,值得表扬.其中有好几个朋友留言向我反映公司给的统计报告里面的覆盖度的问题,如下图: 我在第 8讲中写道,每条染 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

今天的我们,还是继续探究那一个困扰我这么久的问题.为什么我作为堂堂正正的男性,明明X,Y染色体都只有一条,可是却测到了那么多的杂合突变的问题. 在之前,我们在QC阶段详细的探究了X,Y染色体的覆盖度和 ...

目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组,所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件,并格式化如下: head ~/reference/gtf/gencode/protein ...

上一讲中,我们对蛋白的编码基因的测序深度和覆盖度进行了统计,其中有的覆盖度很高,有的覆盖度却又很低,针对这个统计出的测序深度及覆盖度,我们就可以做一些简单的统计及分析. 首先,可以看看覆盖度为10%~ ...

这一讲里,我们依旧根据统计的基因测序的深度进行一下讨论,来看看为什么有些基因的内部测序深度差异如此大? 在前面我们的计算中,s列表示的是基因的每一个坐标的测序深度的方差,所以代表着基因的内部测序深度差 ...

以前是自己写脚本: [直播]我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事. 下载hg38参考基因组直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接 ...

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