一键完成比较基因组中的基因共线性分析 / 四六文摘

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

▼分类: 生物信息学1:软件网址:https://ccb.jhu.edu/software/glimmerhmm/2:下载近源物种的gff文件以及基因组序列,这个近源物种的寻找,个人的方法就是搞清楚你 ...

编译:卡德加,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读鳄梨(牛油果)(Persea americana)作为一种在全球范围需求量越来越大的水果,给墨西哥农业带来了巨大的经济价值.鳄梨属 ...

本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读今天我们学习物种内部的基因共线性分析,基因的共线性分析在基因家族类分析中很常见,通常基因家族主要通过串联重复.片段复 ...

山东大学海洋科学与技术研究所于2018年8月28日在<Bioinformatics>发表了题目为<NCycDB: a curated integrative database for ...

组蛋白伴侣介导核小体的组装和拆卸,并参与基本上所有依赖DNA的细胞过程. 在拟南芥中,H3-H4组蛋白伴侣复合物染色质组装因子1(CAF-1)的FAS1或FAS2亚基的功能丧失对植物形态,生长和整体适 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

在中国,乳腺癌发病率在女性专有癌症中高居首位! 合作通常是一件好事,通过共同努力达到一个目标.但对于癌症来说,这可能是极其有害的. 近日,来自辛辛那提大学的Xiaoting Zhang课题组在Cell ...

霍霍姓是中国人常见的姓氏,在姓氏排行榜中列第一百五十四位,在河北.河南的分布比较集中,当今霍姓人大约占全国人口的0.075%,总人口大约有100万. 霍姓始祖霍叔.<姓纂>和<广韵 ...

我们人体内的组织由分裂细胞和非分裂细胞组成.干细胞在我们的一生中都会不停自我更新,并负责提供非分裂细胞以保持正常身体运转.我们体内的绝大多数细胞是非分裂细胞,或者很少分裂,包括血液中每天产生的数十亿的 ...

众所周知,药物并非纯净物质,其在生产贮运过程中常常会引入或产生"杂质",而由于杂质的存在,又往往会带来潜在的安全性问题,所以科研人员通常需要在充分研究的基础上对杂质加以有效控制.而 ...

全部样本全部样本混合拼装 mkdir ./assemblyall/ megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 - ...

[toc] 写在前面从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析.扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉.其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseea ...

一键完成比较基因组中的基因共线性分析