一千零一技|基因组资源更新

九个月之前我们介绍过中国春基因组2.0版本版本发布，但相关的文章还没有出来。前几天，我们也说过现在可以在线blast这个版本的基因组序列了：一千零一技 | 中国春基因组2.0版在线blast。

除了IWGSC版本的中国春基因组之外，还有TGAC版本（TGACv1和TGACv2），早期454序列等。除此之外，还有一个PacBio版本的中国春序列，发表于2017年，彼时中国春已经公布0.4版本，这个PacBio没有组装至染色体水平，所以很多人用的不多。当时，我们也介绍过：第一个接近完整的六倍体小麦基因组。今年在预印本上更新了组装至染色体水平的序列，该版本是将在IWGSCv1.0和17年PacBio的组装版本进行了整合。

序列下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_002220415.3

目前小麦多组学网站也已经放上这个版本的序列了，大家可以blast、调取序列以及设计引物等。

大麦Golden Promise的基因组也出来了，大家也可以在小麦多组学网站上用了。

还有就是。。。。

10 genomes也更新了，需要的可以去下载了https://wheat.ipk-gatersleben.de。

15个基因组都组装至染色体水平，而且基本的基因注释和转座子注释也都有了。

现在小麦有这么多基因组了，够不够大家用呢？

今天其实我想看看Fielder的序列来，但是没有，不知道有人在做嘛？

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基因组
blast
IWGSC

  1. Zimin, A.V., Puiu, D., Hall, R., Kingan, S., Clavijo, B.J., and Salzberg, S.L. (2017). The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome, Triticum aestivum. Gigascience 6(11), 1-7.  doi:10.1093/gigascience/gix097

  2. Schreiber M, Mascher M, Wright J, et al. A Genome Assembly of the Barley 'Transformation Reference' Cultivar Golden Promise [published online ahead of print, 2020 Apr 2]. G3 (Bethesda). 2020;g3.401010.2019. doi: 10.1534/g3.119.401010

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