16s分析之Qiime序列拼接（图文版） / 四六文摘

前面我带领大家通过IMGT数据库认知免疫组库,而且也一起从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列,免疫组库重要的研究对象就是分成BCR的IGH,IGK,IGL这3类,以及TCR的TRA,TRB, ...

QIIME 2用户文档. 9数据导入 Importing data 原文地址:https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/importing/ 为了使用QIIM ...

写在写在前面的前面中午一个师弟说,手上有一个需求,需要确定某个模式在荔枝所有基因的启动子区域内是否存在.事实上,这很明显就是要看某个转录因子是否是调控哪些基因,我一看模式就知道,必定是ERF,因为是 ...

导读网络上有很多16S rDNA扩增子测序数据的详细分析流程.但是很多初学者在拿到测序公司给的测序数据时,仍然不知道从何下手.究其原因,我们从测序公司拿到的数据是五花八门的,网上的分析流程虽然详 ...

前面我们发布了明码标价之普通转录组上游分析,终于开始接单了,第一个项目介绍98个转录组测序数据的表达量获取,超级简单,就是耗费计算资源,500G的fastq数据文件,中间步骤加起来,起码耗费2个T的 ...

本文由微科盟phage根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源<微生态>公众号. 在上一节"宏基因组分析专题(3):宏基因组数据的质控 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

摘要: join_paired_ends.py:该命令默认调用fastq-join,因此可以不用设置-m选项,若选用SeqPrep则需要设定-m选项 -m调用方法fastq-join, SeqPrep ...

首先提出一个问题:我们在测序公司得到数据,可能他们会给跑出otu.table文件,但是没有进化树,在影响到了后续的Aplha,beta多样性分析: 让我们开始解决这个问题: # 物种注释(如果没有注释 ...

还记得昨天最后一条命令吗? single_rarefaction.py -i otus/otu_table_mc2_w_tax.biom -ootu_table_even6073.biom -d 60 ...

首先Qiime官网命令都集中在这个网址,大家可以收藏,随用随查: http://qiime.org/scripts/index.html 这次我们关注的是聚类OTU,与其相关的命令如下: 这里主要有三 ...

Qiime质控很快,但是去除嵌合体就不那么迅速了,上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面,可能体验会差一些,这次我给加上: 先说说质控命令: split_libraries_fast ...

引子目前NCBI上的数据已经超过的14个P,公开的测序数据也已近到达5个P,而且目前随着二代测序成本的继续下降,测序数据将在很长一段时间内持续井喷.面对如此大量的数据包含大量的与作物相关土壤相关的数 ...

趣味地理冷知识,我国那些发音相同的地名喽哈大家好,今天给大家科普一点关于地名的奇葩小知识,我国那些发音相同但字却不同的地名. 大家都知道我国地大物博,幅员辽阔,地级市有300多个,下面的县市也有近3 ...

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