生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程 / 四六文摘

蓦然回首在身不由己,无法有什么动作的时候,我就会开始天马星空,胡思乱想.隐约想起了几年前,在华南农林学院某会议室,我大体介绍了一下 TBtools .介绍完了,有收到这么一个问题,"能不能 ...

写在前面悔恨的眼泪犹如滔滔江水,绵延不绝!早知今日,何必当初. 约莫半个月前,我说过要让所有人都可以分析公共测序数据(SRA测序原始数据 - 到 - 基因表达量).说得通俗一点:无论是在Window ...

写在前面首先说几句话: 本小结代码不需要运行,只是告诉大家数据来源和这份代码的来源: 本小结的软件也不需要安装. 如果没有Ubuntu的随便安装一个就可以16-20都可以运行,例如: 下载一个Qii ...

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

搞生信研究的,大部分数据都是针对于人类的,那么人类的参考基因组就不得不知了! 与hg19的突变相关的一些数据解释. Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UC ...

包括下面几个软件的用法,是我刚入门写的了,感兴趣的去我博客搜索看看,意义不大,我就复制粘贴那些内容了,我讲一点别的: solexaQA 对测序数据进行简单过滤 RSeQC对 RNA-seq数据质控 N ...

目录如下:研读橡胶的基因组文章-结果没有原始测序数据草莓基因组文章解读-并下载原始测序数据阅读文献下载原始reads之pacbio全基因组数据自学无参RNAseq数据分析第一讲之参考文献解读自学CHI ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

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