10X单细胞测序之cellranger介绍 / 四六文摘

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵.其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

在华为云服务器可以重现这个分析流程,16核64G内存,不考虑数据下载环节,5天即可完成文章全部分析环节. 背景自学最先在生信技能树有过一些教程: 10X genomics单细胞数据集探索 10x的单 ...

于2019年1月发表在<Immunity>杂志的文章,标题是:<Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mous ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 我们生活着的世界并非只有我们自己,而是有很多小于或 ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

冷知识:其实一个10X单细胞转录组样品可以有多达84个fastq文件哦! 我们在单细胞天地多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一)数据下载单细胞实战( ...

单细胞转录组教程我们写的差不多了,是时候进军单细胞ATAC和空间单细胞了,找到了这个经典的 <单细胞ATAC>数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的 ...

最近在这里 COVID19 相关单细胞文献的数据集,看到了一个迄今为止数据量最大的.题为"COVID-19 immune features revealed by a large-scale ...

考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求,我开通了一个专栏<100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现>,也亲自示范了几个,不过自己带娃,读博,时间精力有限,所以把剩余的90多个任 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. 海量单细胞技术涉及到三大底层技术: 微流 ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

谷歌邮箱推送给我了关键词订阅文献,单细胞的,我看到如下所示: 下意识的以为是有人把单细胞数据分析流程总结成为了一个地铁线路图或者公交车线路图,因为我们生信技能树VIP群里这两天有人把一下NGS分析 ...

看到了一个预印本研究成果,标题很霸气:<Cell atlas of human uterus>,Posted February 19, 2018. 链接是https://www.biorx ...

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