ISME：外来菌不是随便都能定植在肠道中的
美国学者Julia Oh等人于2018年11月15日在《The ISME Journal》上发表题目为《Selective colonization ability of human fecal microbes in different mouse gut environments》的文章。该研究分析了宿主基因型，天然宿主微生物组和外源定植者之间在高分类学分辨率下的相互作用，结果发现宿主基因型和天然宿主微生物组都可以对外源定植者施加不同的选择压力。
研究摘要
哺乳动物宿主不断与多种外源微生物相互作用，但由于宿主遗传因子以及宿主的天然微生物群所施加的选择性定植抗性，只有一小部分微生物能够定植。微生物生态学和医学科学中的一个重要问题是，这种定植抗性是否可以区分密切相关的微生物物种，甚至是同一物种的密切相关的菌株。
使用人-鼠粪便微生物群移植和宏基因组鸟枪测序，我们重建了具有不同基因型（C57BL6 / J对NSG）和有或没有完整肠道微生物群的小鼠中人类粪便微生物的定植模式。
我们发现小鼠基因型和天然小鼠肠道微生物群对外源定植者施加了不同的选择压力：人类粪便拟杆菌成功地在小鼠肠道中建立，然而，不同种类的拟杆菌在不同的肠道条件下选择性富集，可能是由于多种功能差异，从营养素获取的多样性到压力反应。另外，不同的拟杆菌菌株在不同的肠道条件下选择性富集，这表明在新的宿主环境中同种微生物菌株的适应性可能不同。
文中主要图片说明
图1 根据已知参考序列和de novo测序重建小鼠肠道微生物组
图2 FMT建立的微生物群落的组成分析
图3 不同小鼠基因型中人粪便微生物种类的富集
图4 小鼠肠道微生物组对人类粪便菌种的影响
图5 不同小鼠肠道环境中成功定植的富含功能基因和途径
图6 与B. vulgatus定植天然肠道环境的能力相关的基因
图7 通过小鼠肠环境选择同种菌株
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